Με δύο διαδοχικές συμφωνίες που υπογράφηκαν τον Μάιο του 2016 με την Νέα και Κεντρική οδό (ΓΕΚ-Τέρνα) και μία δεύτερη που ολοκληρώθηκε στις 25 Ιουλίου με την Ολυμπία Οδό (Άκτωρ, J&P Αβαξ, ΓΕΚ-Τέρνα, Hochtief, Vinci), μετά από μαραθώνιες διαπραγματεύσεις, το δημόσιο ενέκρινε συνολικές αποζημιώσεις 455 εκατ. ευρώ.
Πρόκειται για δαπάνη που αναλογεί σε γεγονότα καθυστέρησης των έργων με υπαιτιότητα του δημοσίου και αφορούν θέματα απαλλοτριώσεων, αρχαιολογίας, μετακινήσεις δικτύων κοινής ωφέλειας και την συνακόλουθη καθυστέρηση στην λειτουργία σταθμών διοδίων. Στο πακέτο συμπεριλήφθηκαν κατ΄ απαίτηση των εργολάβων και τα μπόνους επιτάχυνσης για να δουλέψουν διπλές και τριπλές βάρδιες τους επόμενους μήνες.
Με δύο διαδοχικές αποφάσεις που υπεγράφησαν τις προηγούμενες μέρες από το υπουργείο Υποδομών, η Ιόνια Οδός (Αντίρριο-Γιάννενα και τμήμα του ΠΑΘΕ από Μεταμόρφωση-Σκάρφεια και Σχοιματάρι-Χαλκίδα) θα λάβει 120 εκατ. ευρώ από τα συνολικά 174 εκατ. ευρώ της συμφωνηθείσας αποζημίωσης. Αντίστοιχα, για την Ολυμπία Οδός, εγκρίθηκε συνολική πληρωμή 48,8 εκατ. ευρώ που αφορά σε δαπάνη επιτάχυνσης, από τα 214 εκατ. ευρώ που θα λάβει συνολικά παραχωρησιούχος και κατασκευαστής. Από αυτά, η πρώτη εντολή πληρωμής αντιστοιχεί με 43,4 εκατ. ευρώ που με χθεσινό έγγραφο του υπουργείου, διευκρινίζεται ότι θα δοθεί έναντι ποσό 25 εκ. ευρώ από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων. Μέχρι πρόσφατα δεν είχε υπογραφεί η αντίστοιχη συμφωνία με τον Αυτοκινητόδρομο Αιγαίου (Ράχες Μαλιακού -Κλειδί Ημαθείας) εξαιτίας των σοβαρών διαφωνιών που ανέκυψαν από την πλευρά της Hochtief, σχετικά με το ύψος των αποζημιώσεων αλλά και τη διεκδίκηση πριμ επιτάχυνσης. Με δεδομένο ότι έκλεισε η αντίστοιχη συμφωνία με την Ολυμπία οδό, στην οποία επίσης δημιούργησε πολλά προσκόμματα η διεθνής εταιρεία, στελέχη της αγοράς θεωρούν -αν δεν έχει ήδη κλείσει- θέμα χρόνου και αυτή την συμφωνία. Η κοινοπραξία διεκδικεί περί τα 40 εκατ. ευρώ.
Οι εργολάβοι έχουν θέσει τελεσίγραφο στην κυβέρνηση για την πληρωμή των αποζημιώσεων προκειμένου να καλύψουν τις αυξημένες δαπάνες για να επιταχύνουν τα έργα, έχοντας όμως ακόμη πολλές εκκρεμότητες. Στην Ιόνια Οδό και τον Ε65, τα προβλήματα των απαλλοτριώσεων αντιμετωπίζονται με μισθώσεις οικοπέδων καταβάλλοντας 1.000 ευρώ το στρέμμα. Ήδη έχουν καταβληθεί ενοίκια ύψους 1,5 εκατ. ευρώ. Την κοινοπραξία του έργου εξακολουθούν να ταλαιπωρούν τρία σημεία της Ιόνιας Οδού: στην περιοχή της Ρίζας πριν τη σήραγγα της Κλόκοβας που εκκρεμεί απαλλοτρίωση 1.200 μέτρα, 3.000 μέτρα στην περιοχή του Κρίκελου κοντά στο Μενίδι που θεωρείται το πιο σύνθετο κομμάτι του έργου και στην περιοχή του Αυγού στην ένωση του αυτοκινητοδρόμου με την Εγνατία. Στον Ε65 αντίστοιχα που κατασκευάζεται το Ξυνιάδα -Τρίκαλα, η σοβαρότερη εκκρεμότητα είναι 10 χιλιόμετρα που αφορούν την σύνδεση του δρόμου με την παλιά εθνική οδό.